Το Παγκύπριο Γυμνάσιο είναι το αρχαιότερο σχολείο Μέσης Παιδείας της Κύπρου και το παλαιότερο απ΄ όλα τα εκπαιδευτήριά της. Στο χώρο όπου λειτουργούσε η σχολή, γνωστή ως «Ελληνομουσείον» (1753), ιδρύθηκε το 1812 νέο σχολείο από τον Εθνομάρτυρα Αρχιεπίσκοπο Κύπρου Κυπριανό, που ονομάστηκε «Ελληνική Σχολή».
Με πρωτοβουλία του Αρχιεπισκόπου Σωφρονίου το 1893, όταν η Κύπρος βρισκόταν κάτω από την εξουσία της Βρεττανικής Αυτοκρατορίας, το σχολείο εξελίχθηκε σε εξατάξιο Γυμνάσιο. Αυτό αναγνωρίσθηκε από την Ελληνική Κυβέρνηση ως ισότιμο με τα σχολεία Μέσης Παιδείας της Ελλάδας και το 1896 μετονομάστηκε σε Παγκύπριο Γυμνάσιο. Υπήρξε για δεκαετίες πρότυπο σχολείο για όλη την Κύπρο και ένα από τα σημαντικότερα εκπαιδευτήρια του Ελληνισμού. Παρείχε και παρέχει πάντοτε υψηλά επίπεδα εκπαίδευσης. Την ίδια στιγμή αποτελεί ένα εκπαιδευτήριο το οποίο συνέβαλε τα μέγιστα στους εθνικοαπελευθερωτικούς αγώνες του έθνους. Το Παγκύπριο συμμετείχε οργανωμένα με μαθητές του στους Βαλκανικούς πολέμους, καθώς και στον αγώνα της ΕΟΚΑ του 1955-59. Από το Παγκύπριο επίσης αποφοίτησαν επώνυμα στελέχη της πολιτικής και κοινωνικής της Κύπρου κατά τον 20ο αιώνα.
Ο Εθνομάρτυρας Αρχιεπίσκοπος Κυπριανός με ιδρυτική πράξη, που σώζεται ολόκληρη με την ιδιόχειρη υπογραφή του ημερομηνίας 1η Ιανουαρίου 1812, ίδρυσε την Ελληνική Σχολή, αφιερωμένη στην Αγία Τριάδα. Πρώτος διδάσκαλος ο Λεόντιος Μυριανθέας.
Μετά τους διωγμούς του 1821 και τον μαρτυρικό θάνατο του Αρχιεπισκόπου Κυπριανού η Σχολή διαλύθηκε.
Η Σχολή ιδρύθηκε ξανά το 1830 από τον Αρχιεπίσκοπο Πανάρετο μετά από απόφαση των Αρχιερέων και των προκρίτων του νησιού. Τη διεύθυνση της Σχολής ανέλαβε ο Ονούφριος Μικελλίδης. Ο Αρχιεπίσκοπος Πανάρετος ίδρυσε και την πρώτη βιβλιοθήκη με οικονομική βοήθεια της «εν Λονδίνω φιλάνθρωπου και φιλόμουσου Εταιρείας».
Η Ελληνική Σχολή αναδιοργανώνεται το 1859 με πρωτοβουλία του Αρχιεπισκόπου Μακαρίου του Α'. Διατυπώνονται οι πρώτοι κανονισμοί της Σχολής.
Το 1860 σύμφωνα με το μητρώο του, το Ελληνικό Σχολείο Λευκωσίας το οποίο ονομαζόταν και Γυμνάσιο, είχε προσωπικό 4 διδάσκαλους και έπειτα 5.
Το 1869 η Σχολή είχε 39 μαθητές και διδάσκονταν την ελληνική, την τουρκική, τη γαλλική και τα Μαθηματικά. Δωρεά Μητροπολίτη Πάφου Νεοφύτου 100.000 γροσιών.
Ο επιθεωρητής Spencer σε έκθεση του το 1879 γράφει τις εντυπώσεις του για τη Σχολή: «Οι διδάσκαλοι του Σχολείου τούτου είναι όλοι καλά μορφωμένοι, αλλά εργάζονται υπερβολικά και αμοίβονται ανεπαρκώς». Το 1887 προστίθεται ως ξένη γλώσσα και η αγγλική για να αντιμετωπίσει τις νέες πολιτικές συνθήκες του νησιού, χωρίς αυτή να είναι, στην αρχή τουλάχιστον, υποχρεωτική.
Το 1892 εισάγεται η διδασκαλία για πρώτη φορά των Λατινικών με πρώτο διδάσκαλο τον πρώην διευθυντή της Σχολής Ν. Κάλβαρι.
Οπως ανέφεραν Αλεξανδρινές εφημερίδες, το 1889 δέκα μέλη της Κυπριακής Αδελφότητας Αιγύπτου πρότειναν να ιδρυθεί με πρωτοβουλία και υλική υποστήριξη της Αδελφότητας πλήρες γυμνάσιο. Έτσι τέθηκαν οι βάσεις για ίδρυση του γυμνασίου στη Λευκωσία. Η απόφαση αυτή πραγματοποιήθηκε 4 χρόνια αργότερα.
Ο Αρχιεπίσκοπος Σωφρόνιος κάλεσε συνέλευση πολιτών στη Λευκωσία (Μάιος 1893), η οποία αποφάσισε την ίδρυση γυμνασίου, ισότιμου μ' εκείνα της Ελλάδας. Στις 12 Δεκεμβρίου έγιναν τα εγκαίνια του σχολείου. Αναγγέλεται ταυτόχρονα και η αναγνώριση του Γυμνασίου από το Ελληνικό Υπουργείο Παιδείας.
Το 1897 ξεσπά ο Ελληνοτουρκικός πόλεμος. Συνολικά 15 μαθητές του Παγκυπρίου Γυμνασίου κατατάχτηκαν ως εθελοντές στον ελληνικό στρατό.
Επί γυμνασιαρχίας Μιχαήλ Μιχαηλίδη 1915-17 δημιουργείται η πρώτη βιβλιοθήκη του σχολείου. Οργανώνεται μαθητικός σύλλογος υπό την επωνυμία «Ευαγόρας». Ανεβάζονται οι τραγωδίες «Αντιγόνη» και «Ηλέκτρα» του Σοφοκλή και ταυτόχρονα ιδρύεται ο Σύλλογος Τελειοφοίτων του Παγκυπρίου Γυμνασίου και Διδασκαλείου. Το 1917 εκδίδεται η πρώτη επετηρίδα και καθιερώνονται βραβεία, με πρώτα το «Σεβέρειον» και το «Γώγειον» βραβείον.
Το σχολείο, επί γυμνασιαρχίας Σπυρίδωνος Δουκάκη, καταστράφηκε ολόκληρο από πυρκαγιά στις 25 Οκτωβρίου 1920. Λίγους μήνες μετά, ύστερα από γενναιόδωρη προσφορά του Ιωάννη Βεργοπούλου γίνεται η αναστήλωση του σχολείου.
Το 1927 εγκαινιάζεται με λαμπρότητα η νέα βιβλιοθήκη του σχολείου εμπλουτισμένη με πλήθος βιβλίων, πολλά από τα οποία είναι δωρεές από διάφορα μέρη της Ελλάδας.
Το 1935-36 ιδρύεται τμήμα θηλέων του Παγκυπρίου Γυμνασίου το οποίο στεγάστηκε στο Παρθεναγωγείο Φανερωμένης.
Το 1943 τιμάται η πεντηκονταετηρίδα του Παγκυπρίου. Αναγγέλλεται η μεγάλη δωρεά του Δ. Σεβέρη για την ανέγερση κτιρίου βιβλιοθήκης.
Στις 13 Μαρτίου 1949 έγιναν με επισημότητα τα εγκαίνια της Σεβερείου Βιβλιοθήκης.
Στις 27 του Γενάρη 1956 έγινε η ιστορική μάχη της Σεβερείου Βιβλιοθήκης. Συγκρούονται μαθητές με δυνάμεις ασφαλείας. Οι Αγγλοι διακόπτουν τη λειτουργία του σχολείου. Αναβιώνει το «κρυφό σχολειό». Το Σεμπτέβριο του 1956 το Παγκύπριο Γυμνάσιο επανήρχησε τη λειτουργία του. Στις 31 Δεκεμβρίου του ιδίου χρόνου πέφτει μαχόμενος ο απόφοιτος του σχολείου Μιχαήλ Γιωργάλλας.